研究院的组织机构由行政机构和学术机构等部分组成。研究院设院长1人、常务副院长和副院长2-3人。研究院实行院长负责制，院长统筹研究院科学研究工作和人才培养工作的开展，保障研究院科研活动和人才培养按照预设目标顺利进行。设行政管理部，主要负责研究院的日常行政管理，为研究（研发）中心提供行政管理服务。学术机构包括学术委员会以及研究院下设的研究(研发)中心、技术服务部组成。学术委员会由校内外健康环境研究领域具有较高威望和影响力的学者组成，负责指导研究院的总体科研目标和方向，为研究院重大学术事项决策提供咨询和建议，指导研究院人才评价和学术评价。学术委员会设主任1人、副主任2-3人、秘书长1人，学术委员会委员任期一般为三年，可连任。研究（研发）中心是研究院从事科学研究的基本单位，技术服务部为研究（研发）中心提供科研装备仪器和测试技术支持，保障科研目标的顺利实现。研究院根据工作需要设一定数量的中心主任。